SDS se silně váže na kladně nabité a hydrofobní zbytky proteinů prostřednictvím svých sulfátových skupin a alkylových řetězců 13 V souladu s tím, je to cenný detergent v oblasti strukturní biologie a studií skládání/rozkládání proteinů.
Co dělá SDS s proteinem?
SDS je amfipatická povrchově aktivní látka. denaturuje proteiny vazbou na proteinový řetězec svým uhlovodíkovým ocasem, odhaluje normálně skryté oblasti a pokrývá proteinový řetězec molekulami surfaktantu. Skupina polární hlavy SDS přidává další výhodu použití tohoto denaturačního činidla.
Jak se SDS váže na aminokyseliny?
SDS má hydrofobní konec, který silně interaguje s proteinovými (polypeptidovými) řetězci. Počet molekul SDS, které se vážou na protein, je úměrný počtu aminokyselin, které tvoří protein Každá molekula SDS přispívá dvěma zápornými náboji, které převažují nad jakýmkoli nábojem, který protein může mít.
Pokrývá SDS proteiny?
SDS také pokrývá protein jednotným záporným nábojem, který maskuje vnitřní náboje na R-skupinách. SDS se váže poměrně jednotně na lineární proteiny (kolem 1,4 g SDS/1 g proteinu), což znamená, že náboj proteinu je nyní přibližně úměrný jeho molekulové hmotnosti.
Jak SDS dává proteinu záporný náboj?
SDS je detergent, který obsahuje dlouhý alifatický řetězec a sulfátovou skupinu. Tento detergent interaguje s denaturovanými proteiny za vzniku silně negativně nabitého komplexu (záporný náboj vznikající z SO42 − skupiny SDS). Proteiny se nejprve denaturují teplem a poté se ve velkém přebytku přidá SDS.
