BLAST je počítačový algoritmus, který je k dispozici pro použití online na webových stránkách Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI), stejně jako na mnoha dalších stránkách. BLAST dokáže rychle porovnat a porovnat dotazovanou sekvenci DNA s databází sekvencí, což z něj dělá kritický nástroj v probíhajícím genomickém výzkumu.
Je BLAST primární databáze?
BLAST je nejrozšířenější software v bioinformatickém výzkumu. Jeho hlavní funkcí je porovnat sledovanou sekvenci, dotazovací sekvenci, se sekvencemi v velké databázi BLAST a poté hlásit nejlepší shody neboli „zásahy“nalezené v databázi. Tento jednoduchý program má dvě primární aplikace.
Je NCBI databáze?
NCBI obsahuje řadu databází relevantních pro biotechnologii a biomedicínu a je důležitým zdrojem pro bioinformatické nástroje a služby. Mezi hlavní databáze patří GenBank pro sekvence DNA a PubMed, bibliografická databáze pro biomedicínskou literaturu. Mezi další databáze patří databáze NCBI Epigenomics.
Používá se BLAST pouze v databázích NCBI?
BLAST je k dispozici na webu na webu NCBI. K dispozici jsou různé typy BLASTů podle sekvencí dotazů a cílových databází.
Jak funguje databáze BLAST?
Jak BLAST funguje? BLAST identifikuje homologní sekvence pomocí heuristické metody, která zpočátku najde krátké shody mezi dvěma sekvencemi; metoda tedy nebere v úvahu celý sekvenční prostor. Po počáteční shodě se BLAST pokusí zahájit místní zarovnání z těchto počátečních shod.
