Homologické modelování získává trojrozměrnou strukturu cílového proteinu založenou na podobnosti mezi templátovými a cílovými sekvencemi a tato technika se ukázala jako účinná, pokud jde o studium membránových proteinů, které je těžké krystalizovat jako GPCR, protože poskytuje vyšší stupeň porozumění …
Co je homologní modelování a proč je potřeba?
1.2.
Homologické modelování je nejpřesnější výpočetní metoda k vytvoření spolehlivých strukturálních modelů a běžně se používá v mnoha biologických aplikacích. Homologické modelování předpovídá 3D strukturu dotazovaného proteinu prostřednictvím sekvenčního zarovnání templátových proteinů.
Jaký je princip homologního modelování?
Homologické modelování je také známé jako srovnávací modelování předpovídá proteinové struktury na základě sekvenční homologie se známými strukturami. Je založen na principu, že „ pokud dva proteiny sdílejí dostatečně vysokou sekvenční podobnost, pravděpodobně budou mít velmi podobné trojrozměrné struktury.“
Co dělá dobrou homologii Modelování?
Pokud definujeme „vysoce úspěšný homologický model“jako model, který má <=2 Å rmsd z empirické struktury, pak templát musí mít >=60% sekvenční identitu s cílem, aby byl úspěch rychlost >70 % I při vysokých sekvenčních identitách (60%-95%) má až jeden z deseti homologických modelů rmsd >5 Å vs.
Co z následujícího platí o homologním modelování?
Vysvětlení: Jak název napovídá, homologní modelování předpovídá proteinové struktury na základě sekvenční homologie se známými strukturami Homologické modelování vytváří celoatomový model založený na srovnání s templátovými proteiny.… Chyby vzniklé v kroku zarovnání nelze opravit v následujících krocích modelování.
